フリントロック：夜明けの包囲戦では、プレイヤーは全11のメイン クエストに挑戦できます。各クエストには平均1時間程度のかかる時間が設定されています。他のクエスト同様、ミッションごとに時間の短長は異なります。
フリントロック：夜明けの包囲戦では、メインクエスト以外にもサブ ミッションがあるため、新しいコンテンツやチャレンジに向かって探索を推進できます。
全サブ ミッションを実行するには約14時間かかります。これ以外に探索できる場所以外での内容であるため、ゲーム内で更に時間を費やしてお勧めします。
また、サブ ミッションを満たすには、新しい能力や道具を使って新しいチャレンジに耐え切る必要があります。しかし、探索やゲーム内の状況を分析し、巧妙な戦術を開発することで、新しい挑戦を抱えることもできます。
サブ ミッションには、新しい場所やNPCがあり、新しいストーリーが展開されます。他の作品との差異を際立たせて、独創性を持っておどることで、フリントロック：夜明けの包囲戦は独自の世界に属しています。
サブ ミッションの進行によって、プレイヤーのスキルや戦術が向上します。此れを武器に新しい敵と戦って、より多くのレアアイテムや武器を入手することもできます。
サブ ミッションは、新しい物語の要素に繋がる為、新しい要素の紹介や設定の再定義が繰り返されます。以上のようにフリントロック：夜明けの包囲戦は、ゲームシステムのバリエーョンによって新しい可能性を開拓しています。
フリントロック：夜明けの包囲戦では、最後にサブ ミッションを実行することで、パーフェクト エンディングを実現できます。これを行うには、前半には全てのクエストを解決し、後半には隠れたクエストも解決する必要があります。